北関東の名立たる峠道を舞台に、本来ならば「若葉マーク」である筈の主人公、藤原拓海が父親の愛車、AE86型（ハチロク）スプリンタートレノを駆り、誰の目にも圧倒的に速いと思える車を相手に対等な勝負を繰り広げ、“公道最速”を目指す。
十二国記の舞台となるのは、山海経に登場するような神仙や妖魔の存在する世界である。その名のとおり、12の国が存在する。文化、政治形態は古代中国（特に周）に類似しており、絶対的な王制である。しかし世襲制ではなく、12の国はそれぞれ神獣麒麟（きりん）が天意に従って選んだ王により統治されている。王は諸侯を封じ、政治をさせる。王や一部の高位の官は神仙として不老長寿（だが必ずしも不死ではなく、胴や首を断たれれば死んでしまう）の身体を得て、天意に従う形で国を治めることを求められている。麒麟が失道にかかりそのまま死・禅譲するか、誰かに討たれない限り王は死なない。王とそれを選ぶ麒麟、そして天意とは何なのかという問いが、作品全体の主題となっている。
時代の転換期に現れ、世に混沌をもたらすと言われる「覇者の首」。それは古来秦より伝わり、覇権を望む者達に争いの火種を遺して来た。
時は巡り激動の幕末。異国色が芽吹きつつある横濱の地に、一人の剣士の姿があった。彼の名は秋月耀次郎。霊剣「月涙刀」を有し、彼の首の封印を天命とする「永遠の刺客」と呼ばれる者である。かつては坂本龍馬の用心棒を務めながらも、彼を救えなかった事を深く悔いる耀次郎は、心に癒えぬ傷を負ったまま一人幕末に蘇った「覇者の首」を追っていた。
彼は喧嘩に巻き込まれそうになった子供を助けた事で、「仇討ち」を本懐とする旅芝居一座と出会う。一座の仇敵・中居屋重兵衛、彼が手にする「覇者の首」。そして首を追う耀次郎。様々な思惑と陰謀が渦巻く中、耀次郎と一座は首を巡る激動の渦に巻き込まれていく……。
魔人學園伝奇のシリーズ第一作となる東京魔人學園剣風帖は、東京･新宿の真神学園を主舞台とした、人ならぬ『力』を得た少年少女たちの物語である。彼らはその力の存在に惑い悩みつつも、同じような『力』を持つものたちと、時には敵として、時には味方として対峙しながら、力を合わせて様々な奇怪な事件に挑み、その闇を暴いていく。設定上は1998年から1999年にかけての物語ではあるが、学園ドラマの「ベタ」「お約束」などといわれる定番の設定や演出を意図的に多く盛り込み、全体としては一昔前の古き良き青春ドラマの雰囲気を作り上げている。